隨著天氣轉涼，流感疫情進入高峰期，各地也陸續展開流感疫苗接種計畫。2025年度公費流感及COVID-19疫苗，1日進入第2階段施打。疾管署長羅一鈞指出，2025年流感疫苗首月已打431萬劑，創下首階段接種量新高，且流感疫情可能在12月中下旬捲土重來，呼籲早點打疫苗可以早點把保護力建立好，以抵抗疫情威脅。
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10月第一波流感高峰挺過了，但接下來還有二波高峰！近期通報的流感重症死亡個案為北部40多歲男性，有慢性病、未接種本季流感疫苗，肺炎合併敗血性休克病逝。對此，疾管署估流感首波高峰已過，12月疫情將再急升、農曆過年恐達最高峰，籲民眾盡快接種疫苗，才能守護身體健康。
10月恐迎流感高峰！依據疾病管制署最新統計，流感疫情連續9週呈上升趨勢，單週就診人次破15萬。醫師指出，往年流感通常在12月才進入流行期，但今年卻提早在9月就報到，新冠疫情也可能在秋冬再度流行，2025年10月起開打公費「左流右新」流感疫苗及新冠疫苗，呼籲長者、慢性病患等高風險族群，盡早施打疫苗提升保護力。
流感疫情持續攀升，且處流感流行期。疾管署7日公布上週新增16例死亡個案，年紀最小僅5歲，發病10天就過世；然而，即便是中壯年也不容大意，另一名40多歲女性則因本身潛在肝臟疾病，導致病程發展迅速，染疫約2週過世。疾管署呼籲，建議符合公費流感及新冠疫苗接種資格民眾儘速安排接種，才能守護身體健康。
公費流感、COVID-19疫苗1日開打啦！疾管署表示，2天已接種流感疫苗55萬劑、COVID-19疫苗16萬劑，疫苗施打數約為2024年同期3倍，推測是受藝人大S效應、流感提早流行影響。疾管署呼籲，疫情變化會跟疫苗接種狀況有關，民眾盡快接種疫苗，才能守護自我與家人的健康。
隨著新冠疫情逐漸趨於流感化，各國防疫態度也轉向與病毒共存。國衛院深入分析2020～2022年間全球34國的防疫政策，與「超額死亡」之間的關係，發現在疫情初期，政府果斷採取嚴格防控措施，防疫指標越全面的國家，有效降低傳播與死亡，對超額死亡的影響越低。其中以台灣、紐西蘭、日本、丹麥等國成果尤佳，研究成果已刊登國際知名公共衛生期刊。
流感進入流行期！衛福部疾管署表示，國內上週類流感門急診就診破11萬人次，佔急診就診病例百分比達11.5%，超過流行閾值，已進入流感流行期；至於COVID-19疫情，預估10月下旬會開始上升。疾管署呼籲民眾，符合公費流感疫苗接種者，10月1日起盡快前往施打疫苗，才能守護自身與家人的健康。
2025年夏季新冠疫情高峰造成的重症人數，比10年來最嚴重的流感季還多，但台灣65歲以上長輩新冠疫苗接種率僅20.4％，僅約歐美國家的二分之一。專家指出，新冠重症死亡風險是流感還高，且恐引發全身性併發症，但最新調查指出，高風險族群疫苗猶豫比例仍高，其中以輕忽疾病與擔心疫苗副作用為2大猶豫主因。
