2026年度公費流感及新冠疫苗將於10月1日正式開打，採「左流右新」模式同步接種。首波對象涵蓋65歲以上長者、醫事人員及高風險族群等11大類。疾管署長羅一鈞7日指出，2026年長者同時打2種疫苗意願提高到50%，Novavax的COVID-19疫苗擬10月下旬加入，籲符合資格者打好打滿，護肺顧心還能賺健康幣。

隨著天氣逐漸變冷，國內流感疫情仍處流行期，重症與死亡人數創新高；而2026年度公費流感及COVID-19疫苗開打，流感疫苗累計接種106.2萬人，較2025年同期103.7萬增加2.4%，其中65歲以上接種較2025年同期增加10%最明顯，短短5天接種66萬人。

日前，清潔針具、美沙冬減害政策引發熱議，甚至出現「提供乾淨針具是否變相鼓勵吸毒」的質疑。對次，衛福部長石崇良重申建立無毒家園目標不變，根據實證經驗，減害措施有助降低與毒品相關經濟犯罪，政府反毒政策會持續朝著「回歸社區、提供長期支持、協助脫離毒品」的方向推動。

進入10月，多項與上班族、交通、消費及健康有關的新措施陸續上路，包括勞工婚假從8日增加至14日。為了解決少子化問題，政府推動台灣人口對策新戰略18項措施，其中婚假從8天延長至14天，10月1日正式上路，勞動部29日說明，新增的6天薪資，政府將全額給付，雇主10月1日起就可提出申請。

流感疫情持續創新高，疾管署公布，類流感門急診就診逾14萬人次，較前一週略升1.4%，新增165例重症病例及30例死亡，均創本流感季新高，預估中秋前後疫情將進入這波高峰。疾管署呼籲，如有呼吸急促、呼吸困難、發紺、血痰、胸痛、意識改變、低血壓等危險徵兆，疾管署強調應儘速就醫。

衛生福利部國民健康署22日舉行「顧健康賺飽幣」啟動記者會。國健署長沈靜芬表示，民眾每完成一項促進健康的活動，即可獲得800～1350點健康幣，每人最多可累積約3700～1萬3150點。值得注意的是，目前參與合作的業者皆採「1幣1元」計算，也就是健康幣點數可按1比1兌換商品價值。

為鼓勵民眾主動管理健康，衛生福利部於2026年10月正式推出「健康幣」，16日招商會有近百家企業、逾270人透過實體與線上共同參與。衛福部長石崇良說，首波鎖定超商、藥局、醫院、運動場館及壽險等5類業者，涵蓋健康食品、預防保健等；未來可兌換的方式跟產品，會在衛福部的官方網頁跟APP公布。

現在進入秋天交替季節，流感疫情持續上升，疾管署15日公布，上週流感門急診就診突破13萬人次，新增21例死亡、創5年新高，預估這波流感疫情會在中秋節前後進最高峰，可能有15～16萬人次就診。疾管署呼籲，若符合條件的民眾建議盡早接種流感疫苗，才能提升身體保護力。

梅毒與其他性傳染病一樣，會透過不安全性行為傳播，但梅毒特別的是，不同期別可呈現多樣化臨床表現，又被稱作「偉大的模仿者」。目前疫情持續，2026年至8月新增6900例，較2025年同期上升3%，且年輕女性、母子垂直感染的先天性梅毒都呈現增加趨勢。疾管署10日發出醫界通函，提醒落實通報、及時診斷治療。

天氣明顯轉涼，流感也正式進入流行期。疾管署8日宣布，流感正式進入流行期，8月30日至9月5日門急診就診計11萬5136人次；新增105例重症病例及19例死亡，感染H1N1為多，重症與死亡數雙創本季新高。疾管署呼籲，民眾若出現呼吸困難、呼吸急促等危險徵兆，應儘速就醫及時獲得治療。