咳嗽常見的病因為急性呼吸道感染，多半為上呼吸道感染，只有極少數的人病人胸部X光可見肺炎。慢性咳嗽病人中，若有吸煙者，以慢性支氣管炎最常見。而不吸煙者以慢性鼻炎鼻竇炎引起之後鼻滴痰也會誘發咳嗽，也就是俗稱的鼻涕倒流。此外支氣管哮喘，胃食道逆流，也是常見的病因。 其他病因如：肺癌、異物吸入、吸入性症候群（中風病人、老年人、及食道疾患較常見）、肺纖維化、耳鼻喉科疾病（鼻瘜肉、外耳道疾患、懸壅垂太長）、心因性咳嗽、藥物引起的咳嗽（例如：某些降血壓藥物—ACE inhibitor, b-blocker）、心衰竭等。 中醫認為咳嗽的病因有外感、內傷兩大類。外感咳嗽為六淫外邪侵襲肺系；內傷咳嗽為臟腑功能失調，內邪干肺。不論邪從外入，或自內而發，均可引起肺失宣降，肺氣上逆作咳。 外感六淫外邪侵襲肺系，多因肺的衛外功能減退或失調，以致在天氣冷熱失常，氣候突然變化的情況下，六淫外邪或從口鼻進入，或從皮毛感受得之。《河間六書˙咳嗽論》論：「寒、暑、燥、濕、風、火六氣，皆令人咳嗽。」即是此意。由於四時的主氣不同，因而人體感受的致病外邪亦有區別。春季以風邪為主、夏季以暑邪為主、長夏以濕邪為主、秋季以燥邪為主、冬季以寒邪為主，而邪氣壅肺亦可化熱化火。 風為六淫之首，其他外邪多隨風邪侵襲人體，所以外感咳嗽常以風為先導，挾有寒、熱、燥等邪。明代著名的中醫大師張景岳曾倡「六氣皆令人咳，風寒為主」之說，認為以風邪挾寒者居多。 內傷總由臟腑功能失調，內邪干肺所致。可分其他臟腑病變涉及於肺與肺臟自病兩種。他臟及肺的咳嗽，可因情志刺激，肝氣失調，失於疏泄，氣鬱化火，氣火循經上逆犯肺所致；或由飲食不當，嗜煙好酒，熏灼肺胃；或過食油膩辛辣，導致脾失健運，水濕不化，凝聚成痰，痰濁內生，上干於肺致咳。因肺臟自病者常由肺系多種疾病遷延不愈，肺臟虛弱，氣陰耗損，肺的主氣功能失常，肅降無權，而致氣逆而咳。 外感咳嗽屬於邪實，為外邪犯肺，肺氣壅遏不暢所致，若不能及時治療，祛邪外達，可進一步發生演變轉化，表現風寒化熱，風熱化燥或肺熱蒸液成痰。 內傷咳嗽多屬邪實與正虛並見。病理主因為「痰」與「火」。但痰有寒熱之別，火有虛實之分；痰可鬱而化火（熱），火可煉液灼津為痰。他臟及肺者，多因邪實導致正虛，如：肝火犯肺每見氣火耗傷肺津，煉液為痰；痰濕犯肺者，多因脾失健運，水穀不能化為精微上輸以養肺，反而聚為痰濁，上聚於肺，肺氣壅塞，上逆為咳；若久延失治，導致脾肺兩虛，氣不化津，則痰濁更易滋生，此即「脾為生痰之源，肺為貯痰之器」的道理。甚則病延及腎，腎氣為先天之本，若病及腎，造成腎不納氣，以致於由咳至喘。 此外痰濕蘊肺，遇到外感誘發，轉從化熱，則可表現為痰熱咳嗽。而肺臟自病的咳嗽，多為因虛致實，如肺陰不足每致陰虛火炎，灼津為痰，肺失濡潤，氣逆作咳；或肺氣虧虛，肅降無權，氣不化津，津聚成痰，氣逆於上，引起咳嗽。 外感咳嗽與內傷咳嗽還可相互影響為病，久延則邪實可轉為正虛。外感咳嗽如遷延失治，邪傷肺氣，更易反覆感邪，而致咳嗽屢作，肺氣益傷，逐漸轉為內傷咳嗽；肺臟有病，衛外不強，易受外邪引發或加重，特別在氣候轉寒時尤為明顯，久則從實轉虛，肺臟更為虛弱，氣陰兩傷。由此可知，咳嗽雖然外感、內傷之分，但有時又可互為因果。如有咳嗽症狀，理應及早治療，以免症狀加重，使病情更為複雜。
